逢神島では超古代遺跡の調査が進み、グレンダイザーとの関係が明らかになろうとしていた。
一方、ベガスターには科学長官ズリルが着任し、グレンダイザー攻略の切札となる新兵器を投入する。
想定外の戦場へ引きずり込まれ、大苦戦するグレンダイザー。
遺跡の深部で未来を視たマリアは、ヒカルからこの星を護る力を託される。