砂漠に堕ちた男には、記憶がない。大介と名付けられた男は自分を拾ってくれた兜甲児と意気投合する。その後、未確認空中現象が地球に襲来、地球の希望マジンガーZも破れ絶対絶命の中、巨大ロボット・グレンダイザーが現れ、未確認戦力を撃退する。乗っていたのは大介。彼は故郷を追われた宇宙の王子デュークフリードだったのだ。
ベガ星連合軍を撃退したデュークだが、我を忘れてリヤドから飛び去り、絶海孤島・逢神島へと不時着する。後を追ってきた甲児に、グレンダイザーを暴走させ大事な人を失った過去を打ち明ける。グレンダイザーに誘われ踏み入った遺跡で、島の巫女ヒカルと出会ったのも束の間、デュークの両親の仇であるカサドが地球を強襲する。
卑劣なカサドに燃え上がるデュークの怒り。それはグレンダイザーを再び暴走させかけるが、デュークは甲児との約束を思い出し踏みとどまる。再びグレンダイザーに乗ってしまったことを悔やむデュークを感謝の歓声が暖かく包む。地球を救ったデュークを光子力研究所の一同は歓迎するが、弓教授は宇宙人であるデュークに・・・
幼なじみ・ナイーダとの再会。それはデュークに束の間の安らぎをもたらす。しかし、彼女は弟・シリウスの仇としてデュークに近づいたのだった。愛憎相半ばした兇刃が迫る。